Phụ phí nhiên liệu là phần phụ phí bắt buộc được tính vào cước phí gửi hàng, do giá nhiên liệu biến động mà mức phụ phí nhiên liệu cũng biến động và thường được tính bằng %. Cước phí gửi hàng = (Cước chưa phụ phí x Phụ phí nhiên liệu( %))* Thuế VAT. Mỗi hãng vận chuyển đểu có mức phụ phí nhiên liệu khác nhau.

Ví dụ: Phụ phí nhiên liệu tháng 6 của UPS: 10.25%, TNT: 14.5%, DHL: 12%, Fedex: 10%.